El 22 de junio de 1941 la Wehrmacht cruzó la frontera germano soviética, empezando así la campaña más cruenta y dura de la Segunda Guerra Mundial. Al noroeste, Lituania se convirtió de inmediato en escenario de guerra. Nada más iniciarse el avance de las divisiones germanas, las guerrillas de la LAF iniciaron una guerrilla contra el Ejército Rojo que llegó a movilizar a unos 100 000 combatientes, de los que 4000 perderían la vida. Solo cinco días necesitaron los rusos para abandonar el país, donde los alemanes instalaron una administración militar provisional.
Los pogromos empezaron incluso antes. Tras las tropas llegaron los Einsatzgruppen, y estos no tardaron en encontrar voluntarios que les ayudaran a masacrar a la minoría judía del país. Al antisemitismo se unía el hecho de que los judíos, conocedores de lo que estaba pasando en Alemania, se habían decantado siempre a favor de la tiranía soviética como mal menor, y dada la represión que esta había ejercido sobre la población lituana, parecía que había llegado la hora de la venganza. La cifra de muertos causada por la primera campaña “espontánea”, en realidad había sido orquestada por los propios invasores, fue de 6000. A finales de 1941 los ocupantes declararían que el país estaba “libre de judíos”. La campaña se había cobrado 220 000 vidas.