Dahlgren se estaba hartando de la interferencia de sus superiores en su jurisdicción. La frustración había estado creciendo durante años. Las prolongadas batallas con Morris el viejo carcamal e Ingraham el imbécil ya habían sido bastante malas.
Pero la situación había empeorado, no mejorado. Aunque había reorganizado la oficina de artillería y había ascendido al rango de contralmirante, ahora tenía que lidiar con Fox el tirano. Lo más irritante había sido la insistencia del secretario adjunto en desarrollar el arma de 15 pulgadas por sus fuertes objeciones. «Nada», escribió Dahlgren en su diario, «podría superar la insolente tiranía de Fox».
La orden del secretario adjunto de desarrollar el 15 pulgadas fue la gota que colmó el vaso. Dahlgren llegó a la conclusión de que la Marina nunca le daría autoridad completa sobre el desarrollo de la artillería, a pesar de su incomparable reputación. El renombre sin tal poder no era suficiente. Dahlgren llegó a la conclusión de que una reputación hecha en una oficina nunca estaría a la altura de la gloria ganada en el mar. En el momento en que el país necesitaba más su experiencia en artillería para dar la respuesta a largo plazo a la cuestión del blindaje, Dahlgren se divorció del trabajo de artillería para buscar un lugar donde pudiera ganar la gloria a la antigua usanza.
Dahlgren apuntó alto, fijando sus miras en conseguir el mando del Escuadrón de Bloqueo del Atlántico Sur, potencialmente el más prestigioso puesto de trabajo de la flota. En el otoño de 1862, el Departamento de Marina planeaba un ataque a Charleston, Carolina del Sur, la «cuna de la rebelión». Si Charleston cayera en un ataque naval, el comandante de escuadrón se convertiría en el oficial naval más famoso del Norte, tal vez eclipsando incluso la victoria de Farragut en Nueva Orleans. Dahlgren lanzó una campaña para conseguir el mando el 1 de octubre de 1862. Con mucha ayuda de la providencia y un poco de Lincoln, se convirtió en comandante de la escuadra en la primavera de 1863. El almirante dejó Washington para ir a Carolina del Sur ese junio.
En lugar de cubrirse de gloria en una batalla victoriosa, Dahlgren presidió la campaña más frustrante de la marina de la Unión: el fracaso en la captura de Charleston. El fracaso precipitó una tormenta de controversia en el Norte. El Mayor General Quincy Gillmore, comandante de las fuerzas del Ejército de la Unión en Charleston, escribió un libro dando a entender que Dahlgren era el culpable.
Dahlgren testificó ante el Congreso que Gillmore era el culpable. Mientras que algunos historiadores navales coinciden en que Dahlgren sacó lo mejor de una mala situación, Dahlgren también tiene sus detractores. Independientemente de lo que piensen los historiadores, la controversia dio a su reputación un golpe peor que el del Merrimac. Después de la Guerra Civil, Dahlgren dirigió el Escuadrón del Pacífico Sur durante un año y medio antes de regresar a Washington en 1868 para convertirse en jefe de la Oficina de Artillería una vez más.
Mientras tanto, los cañones de 11 y 15 pulgadas demostraron ser respuestas adecuadas a la cuestión del blindaje tal como surgió en el combate naval durante la Guerra Civil. Aunque la desafortunada campaña del General McClellan en la península acabó fracasando, las operaciones de la Unión en las proximidades de Norfolk hicieron que los rebeldes destruyeran el Virginia el 11 de mayo de 1862 para evitar que cayera en manos de la Unión. La Armada de los Estados Unidos prescindió de los acorazados rebeldes más importantes que le siguieron. El 17 de junio de 1863, el monitor Weehawken, de clase Passaic, tuvo una corta lucha con el acorazado confederado Atlanta, obligando al buque rebelde a arriar su bandera después de disparar sólo dos veces con su cañón de 15 pulgadas.
El CSS Tennessee no tuvo ninguna oportunidad durante la batalla de la bahía de Mobile el 5 de agosto de 1864 cuando los barcos de madera y acorazados de la Unión se arremolinaron alrededor del desafortunado barco, arremetiendo y disparando. El monitor de la Unión Chicasaw estuvo a punto de quemarse en la popa de la casamata del Tennessee con sus 11 pulgadas disparando cargas de 30 libras. El Tennessee, también, se puso de moda. Después de causar estragos entre los barcos de la Unión frente a Plymouth, Carolina del Norte, el CSS Albemarle cayó víctima el 27 de octubre de 1864 de un ataque con torpedos dirigido por el oficial naval subalterno más audaz de la Guerra Civil de ambos bandos, el Teniente Comandante (más tarde Comandante) William B. Cushing. Durante la batalla de Trent’s Reach, el 23 y 24 de enero de 1865, los acorazados confederados Virginia No. 2 y Richmond se retiraron cuando los 15- pulgadas a bordo del monitor de doble torre Onondaga comenzaron a hablar con un efecto devastador.
Por lo demás, la cuestión de la artillería contra el blindaje en combate no se planteó tanto. Los confederados emprendieron o contrataron unos cincuenta acorazados durante la guerra. De estos cincuenta, veintidós fueron encargados y puestos en funcionamiento. La mayoría funcionaron como una especie de «Merrimacs en potencia». En lugar de entrar en acción de manera ofensiva, tendían a quedarse ubicados en puertos confederados, donde su presencia suponía una amenaza para las fuerzas atacantes. Servir como baterías flotantes era todo lo que los acorazados rebeldes eran capaces de hacer, ya que tendían a estar poco blindados, con poca potencia, poco manejables, poco navegables y mecánicamente poco fiables. La mayoría de los acorazados rebeldes compartieron el destino del Virginia, hundidos por sus propias tripulaciones para evitar que las fuerzas de la Unión los capturaran. La amenaza mucho más ominosa de la intervención europea nunca se materializó.
El capitán Henry Wise, que había dirigido la Oficina de Artillería mientras Dahlgren se ocupaba de los acorazados confederados y de problemas peores en Charleston, había demostrado ser un administrador competente. Pero Wise no era un innovador. El ritmo y la dirección del desarrollo de la artillería en la oficina siempre había dependido de la competencia, percepción y motivación del jefe. Henry Wise carecía del genio inventivo y la habilidad política de Dahlgren. Contento con la actuación de los cañones de Dahlgren y Parrott durante la Guerra Civil, Wise no percibió ninguna necesidad de innovación.
En informes a Gideon Welles, abogó por mantener el actual sistema de armamento de la Armada hasta que los europeos demostraran de forma concluyente que algún otro sistema era superior. Por el momento, estaba satisfecho con el cañón de 15 pulgadas y el aumento de las cargas en el de 11 pulgadas como respuesta a la cuestión del armamento. Aunque ocasionalmente subrayó la necesidad de reanudar la experimentación sistemática, no persuadió ni a Welles ni al Congreso para que proporcionaran fondos. Como resultado, la artillería naval americana se estancó mientras Dahlgren estaba en el mar.
En otra web leí un artículo sobre los acorazados de la guerra de secesión y contaban que uno de los de la Unión, había sido el acorazado que más había disparado en combate y que más veces había sido alcanzado en combate.