Incluso mientras Dahlgren ideaba una respuesta provisional satisfactoria a la cuestión de los blindajes, sin embargo, perdía interés en encontrar una solución permanente.
El 5 de julio de 1862, el Congreso aprobó una versión de la legislación para reorganizar el Departamento de Marina que el Senador Hale había introducido en enero anterior. Dahlgren se convirtió en jefe de la nueva Oficina de Artillería, recibió un ascenso a capitán, y se le permitió continuar con el trabajo de investigación y desarrollo. Desafortunadamente para la investigación y el desarrollo, el nuevo trabajo aumentó la carga administrativa de Dahlgren en un orden de magnitud. No sólo estaba trabajando en la respuesta a la cuestión del blindaje, sino que también se enfrentaba a otros problemas de gran importancia nacional.