A la muerte de Perdicas III su hijo era demasiado joven para reinar, había que nombrar un regente o poner de oficio a otro rey en el trono. Los pretendientes eran numerosos y estaban apoyados por las demás potencias de la época (Atenas, Tebas, Persia, etc.)
Filipo actuó rápido y se dirigió con el ejército de su provincia hacia Pella. No tuvo necesidad de luchar porque los macedonios, despreciando a los demás pretendientes, le ofrecieron la Regencia. Con su aceptación, Filipo llegó al poder en el año 359 a. de C, cuando Macedonia tenía ante sí la amenaza de su disolución, debilitada por una década de luchas dinásticas y paralizada por la derrota militar a manos de los ilirios. Durante los siguientes treinta y tres años, Filipo hizo de su arruinada herencia una potencia mundial y creó la base política, militar y económica del Imperio.
Por primera vez desde su advenimiento al trono, los “compañeros del rey”, como se hacían llamar los ochocientos señores macedonios para afirmar su paridad con él, comenzaron a frecuentar Pella, donde Filipo los atraía con fiestas, juegos de dados, mujeres y torneos. A menudo jugaba con ellos hasta avanzada la noche. Pero su objeto no era solamente divertirles. Entre una cacería y una borrachera, tejía la trama del mando único en la nueva organización militar copiada de Epaminondas, y contaba a aquellos indóciles barones sus sueños de gloria y de conquista.
Efectivamente, Filipo había quedado muy impresionado por el orden que reinaba en el estado tebano y que contrastaba con la indisciplina de las provincias macedonias. Había comprendido que en aquellos tiempos dominados por la guerra, la fuerza principal de un Estado era su ejército, y que la fuerza principal de los ejércitos era la disciplina. La novedad fundamental del ejército macedonio fue convertirse en un ejercito permanente y nacional, a diferencia de los ejércitos griegos que, salvo Esparta, no eran más que milicias convocadas en caso de guerra.
En el plano político, Macedonia pasó a ser una unidad que convergía en la persona del rey. Tras su temprana y decisiva victoria sobre los Ilirios (358), Filipo pudo dominar los revueltos cantones de la Alta Macedonia (Lincéstide, Oréstide, Elmiótide y Tinfea), situados a caballo de al cordillera del Pindo, entre el alto curso del Halacmón y el Epiro, que, tradicionalmente se habían mantenido independientes de la monarquía macedonia. La Corte de Pella absorbió a sus nobles y, al mismo tiempo, esos cantones ofrecían territorio abundante donde reclutar hombres: Dividió Macedonia en doce circunscripciones militares, cada una de las cuales debía suministrar una unidad de caballería, una unidad de infantería pesada (hoplitas) y una unidad de infantería ligera; las unidades llevaban el nombre de la región.
El ejército resultante, veinte mil infantes y cinco mil jinetes, era sometido a un entrenamiento incesante: gimnasia, marchas de hasta cincuenta kilómetros diarios. Las guerras para las que se preparaba Filipo eran guerras griegas, es decir, contra ciudades dotadas de murallas y fortificaciones. Así que en su ejército debía tener artilleros e ingenieros o constructores de máquinas de asedio. Por todo ello, en pocos años, Filipo puso en pie el más formidable instrumento de guerra que haya conocido al Antigüedad antes de las legiones romanas: La Falange, rígida muralla de dieciséis filas de infantes, protegida en los flancos por escuadrones de caballería.
La unión política se cimentó mediante matrimonios. Filipo contrajo una serie de uniones: Fila de la región de Elmiótide, Audata de Iliria, Filina y Nicesípolis de Tesalia, y Meda de la región de los Getas. La más importante fue la de la formidable Olimpia, procedente de la casa real molosa, lo que provocó el control del reino de los molosos. A medida que se extendía la red de alianzas de Filipo, la influencia de su nobleza se reducía.
Olimpia, madre de Alejandro
Para conseguir la corona, desde la Regencia, Filipo se libra de sus rivales, los demás pretendientes a la corona. Hizo matar a unos y compró a otros. Siguió con el título de Regente hasta 357 en que empieza a llamarse Rey, título que se hizo oficial en 356 a. de C.